Waar slot blev opført fra 1587 til 1590. Bygmesteren var Karine Friis , enke efter herremanden og lensmanden Bjørn Andersen. Bygningen blev opført som en af de største herregårdsanlæg i Nordjylland, med 3 fløje og i 3 etager, med tårn, voldgrav og vindebro.
Jordtilliggende på i de første århundreder var på ca. 10.000 ha. Indtægtskilderne var kvægbrug, fiskeri og ikke mindst en indbringende færgefart fra Staun til Attrup i Hanherred. Uden for Waar´s mure ligger stadig den gamle rejselade, hvor de rejsende kunne overnatte når de ventede på færgen.
I 1722 ville den daværende ejer Jokum Poulsen gøre huset til en tidssvarende bolig. Han rev øverste etage ned og sløjfede voldgravene, og anlagde en stor have i voldanlægget.
Igennem 1800 tallet blev Waar, sammen med de fleste andre nordjyske herregårde, offer for dårlige tider, og jorden blev gradvist solgt fra. I 1922 blev de sidste 500 ha. solgt, delvist til staten, som udstykkede mange små statshusmandsbrug.
Den kendte forfatter Knuth Becker købte i 1934 Waar, og ejede den til sin død i 1975.
I 1977 købte Vivi og Anders Amager herregården som en næsten ruin. Det skulle være hjemsted for familien Amager. Der blev lagt nyt tag på og renoveret indvendigt. 2 naboejendomme er blevet tillagt, så ejendommen ligger som en helhed i Vår ådal.
Idag ejes herregården af Vivi og Anders og deres 4 børn. Lykke Amager Janek står for B&B og den daglige drift.